Основан в мае 1992 года в Москве. Первые проекты Центра были связаны с изучением процесса становления российской многопартийности.
C 1994 года ЦПК занимается аналитическим мониторингом СМИ и политическим консультированием.
В 1999 году, на выборах в Государственную Думу специалисты Центра обеспечивали экспертно-аналитическое сопровождение кампании лидеров избирательного блока «Единство».
С начала 2000-х годов сотрудничает с администрацией Президента РФ.
ЦПК публиковал аналитические доклады, получившие большой резонанс в экспертном сообществе и СМИ:
В разное время Центром руководили Владимир Березовский (1992-1997), Алексей Чеснаков (1997-2000), Валерий Федоров (2000-2003), Константин Симонов (2003-2006), Михаил Виноградов (2006-2008).
С 2008 года Центр политической конъюнктуры возглавляет Алексей Чеснаков.